山东农业大学设有农学院、植物保护学院、资源与环境学院、园艺科学与工程学院、林学院、动物科技学院(动物医学院)、机械与电子工程学院、经济管理学院、食品科学与工程学院、信息科学与工程学院、化学与材料科学学院、生命科学学院、文法学院、外国语学院、水利土木工程学院、体育与艺术学院、国际交流学院、马克思主义学院、继续教育学院和农民学院等20个学院。
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